NOGEPA heeft diverse commissies en werkgroepen ingesteld. Deze houden zich bezig met verschillende onderwerpen waar de industrie als geheel mee te maken heeft. De commissies zijn permanent. De werkgroepen worden naar behoefte ingesteld en opgeheven wanneer het werk is afgerond.
De commissies en werkgroepen worden bezet door experts van de aangesloten bedrijven. Soms zijn ook vertegenwoordigers van de geassocieerde leden en/of externe partijen actief in de commissies en werkgroepen. De voorzitters van de commissies zijn steeds vertegenwoordigers van een van de leden en leggen verantwoording af aan het bestuur. Het secretariaat van de verschillende commissies wordt gevormd door leden van het permanente NOGEPA-secretariaat.
Momenteel heeft NOGEPA vier commissies waaronder verschillende werkgroepen vallen:
- Operaties
- Veiligheid en gezondheid
- Milieu
- Juridische zaken
Vijf werkgroepen worden rechtstreeks aangestuurd door het bestuur:
- Mijnbouwklimaat
- Communicatie
- Ruimtelijke ordening
- Gaswet
- Fiscale zaken