De vereniging wordt aangestuurd door een bestuur waarin alle leden van NOGEPA zijn vertegenwoordigd. De belangrijkste activiteiten zijn ondergebracht in comités en werkgroepen. Het permanente secretariaat van NOGEPA zorgt voor ondersteuning en de dagelijkse uitvoering van de werkzaamheden.
Het permanente secretariaat van NOGEPA voert het beleid uit zoals dat door het bestuur is vastgesteld. Dit gebeurt door het schriftelijk formuleren van standpunten en door het vertegenwoordigen van de belangen van de leden in het overleg met overheden, organisaties, politiek, media en derden.
De secretaris-generaal is verantwoordelijk voor het dagelijkse management over het secretariaat.